「naoki669」さん、こんにちは。

＞現在、AテーブルとBテーブルを主キーで連結してDWを作成し、2700件ものデータを読み出して
＞変更があればすべての行を更新かけるようにしています。
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＞Aテーブルはソート順を決めるためだけのもので、Bテーブルは並び順番号を設定する更新対象のテーブルです。
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＞これを実行すると、読み出しに約１分前後かかり、更新にいたっては１０分経過しても帰ってこないのが現状です。
更新特性を調整しても変化ありませんでした。
＞
＞ちなみに、サーバはIBMのAS400で、クライアントアクセスODBC接続しております。

読み出しに１分もかかるというのが、ちょっと疑問です。
IBM AS400は触ったことが無いのですが、OracleなどではサーバがNTでもこんなに時間はかからないと思います。

別のツール(例えばMS Query)などで、PBのデータウィンドウと同じSQL文を実行してみてレスポンスを比較して
みてはどうでしょうか？問題がPBにあるのかサーバ側(あるいはネットワーク)にあるかを判別するための手がかり
になると思います。