＞現在、AテーブルとBテーブルを主キーで連結してDWを作成し、2700件ものデータを読み出して
＞変更があればすべての行を更新かけるようにしています。
＞
＞Aテーブルはソート順を決めるためだけのもので、Bテーブルは並び順番号を設定する更新対象のテーブルです。
＞
＞これを実行すると、読み出しに約１分前後かかり、更新にいたっては１０分経過しても帰ってこないのが現状です。
更新特性を調整しても変化ありませんでした。
＞
＞ちなみに、サーバはIBMのAS400で、クライアントアクセスODBC接続しております。
＞何か得策があれば御教授願えないでしょうか？

勘違いなら、ごめんなさい。

・・ふと思ったのですが、無理に連結する必要性がないのでは？

例えば、Ｗa（一覧）はテーブルA用、Ｗb（詳細）はテーブルB用とした場合、
Ｗaでソートし、Ｗaで選択したキーを元にＷbで検索し、テーブルBに対する更新を行う。

ってのでどうでしょうか？
2700件を一括で読み込んで、一括で更新する必要性があるのですか？
（ＷにＷa とＷb を張りつけて連携させると、2700件の一括更新も可能かもしれません。）