Takaさん、ふくちゃんさん、M.Mさん、こんにちは。

私がやり方を勘違いしておりました。
久しぶりにPowerBuilderを触ったので
「最適化」と「再生成」の意味をごっちゃにしておりました。

結局、Takaさんのおっしゃる通りの方法でできました。
まず、ライブラリの中の全エントリーを「Regenerate（再生成）」してから
そのライブラリの「Optimize（最適化）」を行ったら
「Found source for d_XXX,but didn\'t find object for it.
  Would you like to export it?」
・・・というメッセージが表示されましたので、そのオブジェクトは
ないのだからExportなんてできないだろうけれど「Yes」を選んで
ひとまず最適化まで終了。
その後、PB4.0でマイグレーションをおこなったところ、
見事、エラーは出なくなりました！

みなさん、どうもありがとうございました。引き続き、地道に6.5まで
マイグレーションしていこうと思います。