やまやまさん、ふくちゃんさん、こんにちは。

＞・・・というものについてですが、最適化の時には何もエラーが出ません。
＞マイグレーションする時に「Datawindow syntax has incorrect release number」と
＞出てしまいます。
＞そのメッセージが出ている時に、ステータスバーに表示されているDatawindowが
＞存在しないのです。（ちなみに、このライブラリにはフォームしか登録されていません。）

PB3.xで、問題のデータウィンドウを「再生成」するとどうなりますか？

「再生成」でエラーが発生する場合、移行以前にそのデータウィンドウが壊れてしまって
いると思われます。