やまやまさん、こんにちは。

＞PB3.0（16Bit版）からPB6.5（32Bit版）へのマイグレーション作業を行っています。
＞まず、3.0から4.0へのマイグレーションを行っていましたところ、
＞「データウィンドウの構文に不適切なリリースナンバーがあります」というメッセージが出て、
＞「エラー  C0159 XXX.PBL(dw_XXX.dwo)の移行に失敗しました。
＞ ライブラリファイルの I/O エラーの可能性があります。」という結果になってしまいました。
＞ところが、そのPBLの中に該当のデータウィンドウオブジェクトは存在しません。
＞どのようにこのエラーを回避すれば良いのか教えていただけませんでしょうか？

試しに、PB3.0の段階で問題のPBLを「最適化」してみてください。（ライブラリペインタで）
（全エントリを「再生成」してから「最適化」したほうが良いとの話もあります）

こまめに最適化していないと、PBLの中のエントリーソースが読めなかったり壊れたりすることがあります。