こんにちは。Takaです。

＞早速ですが、パイプラインの設定を編集する事は可能でしょうか？

可能です。このへんは、データウィンドウと同じく、ソース上のオブジェクト（つまりシンタックス）
が存在しなくても、「スクリプト上で編集した文字列」を動的に割り当てることが可能です。

PipeLine型の非表示オブジェクトを CREATE したら、その Syntax プロパティに構文を
設定すれば動くはずです。
（構文を調べるには、既存のパイプラインオブジェクトをエクスポートして見るのが早いと思います）

＞　実行ファイル生成後に、アプリ上からpbl内のオブジェクトを参照して、
＞ＤＷの差し替えを行うなんて事はできるのでしょうか？

LibraryExportした結果の文字列（dw構文）を、Create関数の引数にするだけで良いのですが...
（そーゆーことじゃなくて？）

P.S.てとらぽっとさんへ
＞（だからレスが多いんです?　遊んでるわけじゃないんですよ? ＞ Takaさん（笑））
誰も、「てとらぽっとさんが遊んでる」なんて、言ってないです。
（いや、言ったかもしれない。最近物覚えが悪くって。エヘヘ）