＞DWのSELECTは、してあるんです。ユニークキーはSELECTされているんです。
＞でも、DB更新になると、”できませんでした”のエラーメッセージと共に、
＞SELECT INTO 文が出てくるんですが、そこの項目にはユニークキーのカラムが
＞抜け落ちているんです。こういう場合はどうしたらいいのですか？

データウィンドウペインタのメニューで [行] → [更新特性の指定] を開いてみて下さい。
[更新可能なカラム] にそのユニークキーが入っていないのではないかと思います。
ついでに [固有キーカラム] もユニークキーが設定してあるか確認して下さい
（主キーと同じなら [主キー]ボタンクリックでいいです）。