hirotyanさん、こんにちは。
お返事ありがとうございます。

＞
＞データウィンドウ上に、データウィンドウのチェックボックスではなくて、
＞ウィンドウのチェックボックスをのせた、ってことですよね？

 はいそうです。ウィンドウ画面でチェックボックスを追加しました。

＞ウィンドウにはみ出した状態では、どのように表示されるか？
＞ってのを試してみてください。

　試してみたところ、ウィンドウにはみ出た部分は表示され、チェックもつき、
　クリック時イベントも正常に作動しました。dw_4にかかっている部分は表示されません。
　
　パッケージソフトのカスタマイズをしているんですが、
　ウィンドウのactiveやopenイベントに継承しているスクリプトがあるんですが
　これは影響ありますかね？データウィンドウのSetTransObject など。
　（すいません　知識不足で上手く説明できませんが）
　みたところ、ウィンドウの表示、非表示に関する記述はなさそうなんですが。