M.Mさん、こんにちは。

＞具体的に、FindWindowAの外部関数の定義と、その外部関数を呼び出しているスクリプト
＞の記述がどうなっているか、教えてもらえますか。
＞
＞情報不足のため、現時点では何とも言えません。

こんな感じです。
今まで（5.5.02）は動いていたので、どこが悪いのかはわかりません。

//グローバル外部関数の定義
FUNCTION Boolean SetForegroundWindow(long hndl)                      LIBRARY \"user32.dll\"
FUNCTION long FindWindowA(ref String ap_name, ref String ap_title)   LIBRARY \"user32.dll\"
FUNCTION long SendMessageA(Long hndl, Int msg, Int wp, Long lp)      LIBRARY \"user32.dll\"

//インスタンス変数の定義
String i_exe = \"c:\\pb\\css\\cs_san.exe\"
Transaction tra_cont

String i_ap    = \"FNWND050\"

//実際のスクリプト。
Long ret

item = Integer(This.Tag) //１．ﾀｸﾞ値よりﾒｯｾｰｼﾞ値を取得 //
i_title = \"案内一覧\"

ret = FindWindowA(i_ap, i_title) //２．
If ret < 1 Then 
If Run(i_exe, Normal!) <> 1 Then
MessageBox(\"ERROR\", \"実行出来ませんでした。(Run)\")
Return
End If
Else
SetForegroundWindow(ret)
End If

//３
Do While ret < 1
ret = FindWindowA(i_ap, i_title)
Loop

SendMessageA(ret, item, 0, 0)

【処理の説明】
１．”タグ値よりメッセージ値”について
    これは、ユーザオブジェクトのコマンドボタンを使っています。押されたボタンによってSendする値を変えるため
に、それぞれのコマンドボタンのタグ値に値を持たせています。

２．FindWindowAについて。
    Runをする際の２重起動防止のために行っています。実際、２重起動してないので、ここは動いていると思われま
す。

３．ループについて。
    Runしたアプリの最初のウィンドウが開ききるまで、ここでループします。と言うのは、開ききってからメッセージ
を送信するためです。

定義の中で記述してある
String i_ap    = \"FNWND050\" は、スパイ＋＋を使って取得しました。

こんなかんじでわかるでしょうか。
よろしくお願いします。