「max」さん、こんにちは。

＞実行ファイル作成時、ハングアップしてしまいEXEが出来ません。
＞生成したコードをコンパイルしている時に起こります。
＞
＞アプリケーション，データウィンドウ，共通関数の３つのライブラリにて構成され、
＞データウィンドウをDLLとしています。
＞
＞データウィンドウが６０個程あります。
＞これを１つのライブラリにしているため、サイズが大きすぎてハングアップしてしまう
＞のでしょうか？

ちょっと聞きたいんですが、ハングしたときのエラーメッセージは何でしょうか？
PB5.x以上のバージョンでマシンコードのEXEを生成しようとすると、死ぬほど遅いので
ハングアップしてしまったかのように見える時があります。

また、ライブラリの分割については「Kasi」さんのコメントを見て下さい。