＞＞Ａ）一部の開発マシンでバージョン不整合がある場合
＞＞例えば、メインはPB5.0.03で開発していますが、プログラムの一部をPB5.0.02で開発していると
＞＞仮定します。PBではマイナーチェンジ時にかなり多くのBug FIXが行われています。
＞＞(PBのディレクトリにあるReadxxx.txtを参照して、修正項目を数えてみるとよくわかります）
＞＞そうすると、PB5.0.02で作成してきちんと動いても、PB5.0.03の環境では、Bug FIXされている箇所
＞＞やPB5.0.03の新規バグ?の箇所にひっかかると、動作が変わってきます。
＞
＞Ａの場合は、結局PBのバージョンにより、バグが違うから、PB5.0.02で動いていても
＞PB5.0.03では動かないかも知れないよ。ということですか？

そのとおりです。

＞もし、Ａのような（プログラムの一部をバージョンの違うPBで製作した）状況が発生した場合には、
＞どのように対処すれば動作を正常にすることができるのでしょうか？
＞もしかして、一から作り直さないとだめですか？
＞もしくは、新規バグのところを別のロジックに書き換えるとかってことを
＞しないとだめなのでしょうか？

えっと、現場の状況がわからないので的確なコメントでないかもしれませんが。

プログラムの一部をPB5.0.02で開発したとします。開発したマシンで単体テストを行い動作ＯＫ
でした。
このプログラムをシステム全体に組み込むため、PB5.0.03で他のプログラムと一緒にコンパイル
してexeを作成し、結合テストを行います。
ところがPB5.0.02で作成したプログラムの一部分がPB5.0.03のバグに引っかかったとすると、当然
その箇所でエラーが発生します。

上記のケースを想定した場合、解決策として
１）PBの開発環境をすべて同一バージョンに揃える（この場合PB5.0.03)
２）PBの開発環境をすべて揃えることが難しい場合、単体テストを行う環境を結合テストを行う
　　環境に合わせ、バージョン不整合による問題を単体テストの時点で洗い出す。
といった方法が考えられます。