まつおかさん、こんにちは。

＞ちなみに、SQL Anywhereとは関係なく、RUN関数で処理が終了するまでスクリプト側に処理を戻さない
＞ことは可能なのでしょうか。
＞たとえば、DOSのコマンドを起動してその結果を取得したい場合など。
＞
＞よかったら、回答お願いします。

基本的には、Run関数は外部プログラムの起動をキックしたら、処理が
帰ってきます。そのため外部プログラムとの同期を取るには、別の方法
をとります。

ここで問題になるのが、「RUN関数で処理が終了するまで」というのが、
何をもって終了とするか？です。外部プログラムが起動すれば終了なの
か、何かのファイルを出力すれば終了なのか、それとも外部プログラム
が起動して終われば終了なのか、それぞれによって対処方法が変ってき
ます。

外部プログラムの起動/停止状態をチェックするには、DDEに対応してい
ればDDEの接続を試してみるとか、APIコールでチェックします。
外部プログラムが出力するファイルが、出来ているかどうかのチェック
は、FileOpen関数が成功するかどうかで判断します。このテクニックは
実際に使っています。Run関数で外部プログラムを起動後、ファイルをPB
に読込む処理をしていまして、FileOpen関数が失敗すれば、APIのSleep
関数で時間をおいてリトライするようにしています。またこの方法では、
リトライオーバーやタイムアウトの考慮も必要ですね。