まつおかさん、こんにちは。

＞クライアント側のDB(SQL Anywhere)をアプリケーションの起動時に
＞一緒に起動したいのですが、RUN関数は外部コマンドを呼び出すと、
＞処理がスクリプト側にもどってしまいます。
＞これを、外部コマンドの処理が終了するまで
＞スクリプト側に処理を戻さないようにできないのでしょうか。

RUN関数を使わなくても、PBからSQL Anywhereのローカルエンジン
やクライアント･エージェントに接続する時に、自動的に起動します
よ。
これはODBCドライバの設定で、起動オプションの設定にある起動コ
マンドに定義されたEXEが自動起動します。これはODBCドライバが起
動をかけるもので、エージェントがすでに動いていればそれを使い、
そうでなければ起動します。