まことさん、こんにちは。

＞しかし、重複キーを持つデータ（更新データ）の上書きが必要です。
＞（ＤＢを全検索したＤＷに対して、主キーで１件ずつFilterを掛けて確認する事になるのかもしれません。）
＞
＞コメントにあったNew!にするという辺りで上書きが可能であれば、方法を教えて下さい。

New!のステータスの行は、Insert文が生成されるため上書きは不可だと
思います。
いまの仕様で問題なのは、古いデータ集合と新しいデータ集合の差分を
どう取るか？というところに集約されるのではないでしょうか？
差分をとる方法で思い付いたのは、UNIXのdiff、sdiffを使うという手
です。このコマンドはテキストファイルを行単位で比較して、その行が
追加されているか、変更されているか、削除されているか調べてくれま
す。
新旧2つのデータウィンドウのデータをテキストファイルに吐き出して、
diffにかけた後でその結果を読込みこんで、データウィンドウの操作を
自動的にすればできるかもしれません。
UNIXコマンドをWindowsで使えるGNU for Windowsといったツールがフリー
で利用できます。