M.Mさん、こんにちは。
本当は、「はじめまして」なのですが、
一方的ですが「いつもお世話になってます」と挨拶させて下さい。

＞具体的にどういうロジックを記述したのでしょうか。
＞バッチ終了を確認する方法に何か問題があったのではないか

以下に、試した手法を大分して、3つ記載します。
どの手法を試した時も、処理を入れなければ
うまくいくことを確認しています。
読みにくいかと思いますが、宜しくお願いします。

【手法１】
→現行のシステムで、実績があるやり方
(但しＤＯＳコマンド実施のバッチ)のため
  信頼できると思っていたが…。
********外部関数宣言**********
//windowが開いているかを取得する関数　　※&省略
FUNCTION uint FindWindowA(long classname,
string windowname) LIBRARY \"user32.dll\"　

//windowsフォルダのpathを取得する関数
FUNCTION long GetWindowsDirectory (ref string dir,
long size) LIBRARY \"kernel32.dll\"
ALIAS FOR \"GetWindowsDirectoryA\"
■ アプリケーションOPENイベント::af_main()←アプリケーション関数
RUN(転送.bat FTPテキストパス　ログテキストパス)
OPEN(レスポンスウィンドウ)

■ レスポンスウィンドウOPENイベント
Timer(1,This)

■ レスポンスウィンドウTimerイベント
//コマンドプロンプトへのpathを取得していない場合
IF is_dir = \"\" THEN
    //windowsフォルダへのpathを取得
    ll_len = GetWindowsDirectory(is_dir,ll_len)
    //インスタンス変数にコマンドプロンプトへのpathを格納
    is_dir = is_dir + \"\\system32\\CMD.EXE\"
END IF
//コマンドプロンプト(バッチ)が立ち上がっているかをハンドリングする
il_handle = FindWindowA(0,is_dir)

//コマンドプロンプト(バッチ)が立ち上がっていない場合
IF il_handle = 0 THEN
    //timer動作をリセット
    Timer(0,this)
    //ダミーwindow（このwindow）を閉じる
    close(this)
END IF

Return 0
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済みません。
2000Byteを超えているそうです。
続きはNo.2に書きますので、宜しくお願いします。