非常に長い間が空いてしまいましたが、解決しましたので報告させていただきます。

まずは発生していた現象を再度記述します。

【現象】
　DataWindowに
　　SELECT *
　    FROM （テーブル名）
　とだけ記述し、
　　? そのDataWindowに対してWHERE句を追加し、DataWindowをRetrieve。
　　? そのDataWindowをDataObjectとしたDataStoreを作成し、
　　　 DataStoreに対してWHERE句を追加して、DataStoreをRetrieve。
　を行うと、
　　? 強制終了
　　? 抽出はされるが、条件一致しているレコードの一部しか抽出されない

という現象が発生しいました。
これに対し、SQL文がちゃんとセットされているかどうかをSQLPreview等で調べてみても
SQL文に文法上の異常は見られませんでした。

しかし、原因はDataWindowに予め記述しておいたSQLに問題がありました。

【原因】（パワーソフト サポートセンターからの回答文より抜粋）
　データウィンドウの構文でアスタリスク（*）を使用した場合、
　そのデータウィンドウを使用したアプリケーションでは、
　予期しないエラーが発生する可能性があります。
　（・・・中略・・・）
　データウィンドウの構文でアスタリスク（*）を使用して、
　明示的ではないカラムを検索させる場合、
　そのデータウィンドウを使用したアプリケーションの動作は
　サポート対象外となりますので、
　ご了承頂けますようお願い申し上げます。

とのことで、DataWindowに記述するSQLにおいて、SELECT句に『*』を使用していた事に
問題があり、『*』ではなく全てのカラム名を指定したDataWindowを使用したところ、
現象が発生することはなくなりました。

Taka様、こてちゅ様にはご迷惑をおかけしてしまい、申し訳ありませんでした。