Mutouさん、こんにちは。

＞＞登録すべきデータが、ほんとに100万件も必要なのか。　差分転送で済む話ではない
＞＞のか・・　そういう話にはならないんですか？
＞UpdateやInsertだと時間がかかりませんか？テーブルごとのデータは２０万件程度なのですが
＞更新するテーブルが７?８もあるんですよ。
＞毎日ではなく、１年に２回程度なのですが、俺一人でメンテするようなものなので、しかし
＞お客さんは６０件程度。リモートでは、可能な範囲でやるのですが、つながっていないお客さん
＞が３０件程度あるのでなんとか効率いい方法はないかなと思いまして．．．

データウインドウに表示して　っと思えば大変ですよね。
delete文で該当する差分データを削除し、datastoreにインポートして、データを登録してみては
どうでしょうか？
　テーブル名と条件を渡せばSQL文を実行して削除するような関数でもつくり、削除してはdatastore
にインポート、削除と登録がうまくいけばcommit。
条件に、 key = 1 or key = 2 or　・・　っというのを設定して、インデックスを貼っておけば、
速さは十分な気がします。　key部分が共通する子テーブルなら、そちらも同じ条件で消せますし。

＞ちなみにサーバーからバッチファイル等でＳＱＬデータベースを復元することは可能ですか？

調べてないのでなんともいえませんが・・
csvファイルからのimportなら、できるのでは？
で、.batのテキストにでも、　>connect ?/?@?　なり、>imp73 ?　なり記述すればよいよう
に思います。　（調べずにかいてますので、調査要）