しんさん、M.Mさん、ryochanさん、おはようございます。

＞PeekMessage APIで入力をキャンセルさせる
＞方法が一応あります。
＞一応というのは閉じる（キー：Alt+F4）等の
＞システムメニューには対応できないからです。

PeekMessageですか。なるほど勉強になりました。

私もM.Mさん同様、ウィンドウやボタンをDisableにすることで回避できると思い込んでいました。
実際のアプリもそうやって作っていました。
（過去に、そういうアドバイスをしていたような記憶があります）

ただ、それらのアプリでは、実行中にキーやマウスを操作しても、ビジー状態から開放された
直後に再実行してしまう事はありません。

その理由は、処理が終わったら必ずMessageBoxで処理完了を表示しているからです。
気になっていろいろ実験したところ、Disable/Enableなどせずとも、長い処理の最後に
MessageBoxするだけで、実行待ちのメッセージをクリアしてくれる事が判りました。

ちなみに、システムメニューの操作もクリアしてくれます。
ぜひ一度試してみてください。

...というわけで、しんさんへ：
ストアドを実行し終えたら、MessageBoxしてあげましょう！
でも、この方法で「スキャナからの読み込み・・・」もクリアできるかは不明です。