しんさん、こんばんは。

＞windowよりプロシージャ等を実行した際に、処理中の間、windowが硬直するのですが、
＞その間にキーボードもしくはスキャナー等から値を入力した時に、入力された内容を
＞無効化したいのですがどうしたらよいでしょうか。

推測モードのコメントです。

一番確実なのは、元のウィンドウからダイアログ代わりにレスポンスウィンドウを開いて、
そこでプロシージャを実行のスクリプトを記述することです。
レスポンスウィンドウが、全てのキー入力・マウス操作を吸い取ってくれます。

それから試したことはないのですが、元のウィンドウでプロシージャを実行する間、
ウィンドウのenabledプロパティをfalseにしておく方法です。
できそうな気がしますが、試したことはありません。(;^^)