t.yさん、おらさん、こんにちは。
暫く自分でごにょごにょ考えてみましたところ、以下のスクリプトでうまく行きました。

/*--- ここからスクリプト ---*/
string sSelect, sWhere 
String s_oldSQL,s_newSQL

//既存のSQLを取得しますよ
s_oldSQL = dw_shouhinsentaku.GetSQLSelect()

If sle_shouhincode.text <> \"\" Then /*商品IDが書いてあった場合*/
sWhere = \"WHERE CH_SYOUHIN_CD = \'\" +  sle_shouhincode.text + \"\'\"
Else
IF rb_com.checked = True THEN /*コミッション対象のみ*/
sWhere = \"WHERE CH_COMTAISYOU = 1\"
ELSEIF rb_comgai.checked = True THEN /*コミッション対象外のみ*/
sWhere = \"WHERE CH_COMTAISYOU <> 1\"
ELSEIF rb_all.checked = True THEN /*全検索*/
sWhere = \"\"
ELSEIf sle_shouhinmei.Text <> \"\" THEN /*商品名が書いてあるとき*/
sWhere = \"WHERE VC_SYOUHIN_NM = \'\" + sle_shouhinmei.Text + \"\'\"
ELSE /*空欄のとき（？）*/
sWhere = \"\"
END IF
End If

//オリジナルのＳＱＬに新しいWhere句を追加
s_newSQL = s_oldSQL + sWhere
//Select文の変更
dw_shouhinsentaku.SetSQLSelect(s_newSQL)
//検索の実行
dw_shouhinsentaku.Retrieve()
/*--- ここまでスクリプト ---*/

しかし、t.yさん、おらさんに教えていただいた方法でも組んでみます！
マルチに組めた方が良いと思いますし・・・。
それでは失礼致します。