どらまささん、こんにちは。

＞ところでですが、TCPIPポート番号の修正というのは具体的に
＞どのように行えば良いのでしょうか。
裏覚えなので間違っているかもしれません。マニュアルか
dbsrv6 /? で確認して下さい。
多分6でもオプション設定は変更ないと思うので、
dbsrv6 -nＤＢ名（任意:クライアントの設定で使用）-xtcpip{ServerPort=5000(適当にいれる)} ＤＢファイル
名　
だと思います。
間違っていたり、お調べになり成功したらまた報告して下さい。
あとサービスマネージャから設定した方が（されてるかな）楽です。

＞基本的にサーバ上で2つ以上のDBを起動することは
＞特に間違ったことではないですよね・・・。

そうなんですよ、実は私も以前同じことを5(.5)で
してできたような、できなかったようなあまり覚えていないのですよ（^^;
確か、ポートを違うものにしたら２つ立ち上がったのですが
接続できたかどうかは忘れてしまいました。
只、当時Sybaseの友人に聞いたら「できる」と言っていました...（本当かな）
またどらまささんは6ということもあり、
NetBiosだと２つ立ち上がって問題無いのですよね。
それで期待をこめて無責任発言ということにさせていただきました。