りおっちさん、こんにちは。

＞メインウィンドウの\"検索\"ボタンを押下すると検索ウィンドウ(レスポンス)が表示されます。
＞そこで、検索項目を選択した時に、
＞検索ウィンドウをメインウィンドウの裏側に残した状態で
＞メインウィンドウを使用し、
＞再度、\"検索\"ボタンを押下した場合に、先程使用していた検索ウィンドウが表側に表示される…
＞
＞ということをしたいと思っています。
＞
＞BringToTop･SetPositionなど使ってみたのですが、
＞裏側に移動することができません。
＞(アクティブウィンドウがメインウィンドウに切り替わるのみ)

レスポンスウィンドウを使用すると、無条件でそのアプリケーションの一番上の
位置に固定で表示されます。
ウィンドウのタイプを、レスポンス→メインに変更してみてください。

その後は、BringToTop関数等でウィンドウの表示位置を変更できると思います。

# (余談)
# りおっちさん... 北国で仕事している人のハンドル名に似ているな...