PikaPikaChuさん、こんにちは。

＞それで、両者がいっしょに実行すると、バッチのＰＧがなにも実行されずに終了してしまいます。
＞（デバッガでみて、確認しました。）
＞そこで質問なのですが、同じＤＢにアクセスする場合、データストアの方が力が強いというか、
＞優先権（？）があるのでしょうか？

データストアがどうの、というのはないです。
何も実行されないとはおかしな話ですね。
ちゃんとエラーコードを拾ってらっしゃいますか？

＞埋め込みＳＱＬ・データストア各々のメリット/デメリットなど教えていただけないでしょうか。

というわけで、ちょっとこれは別の議題とさせてください。

＞これは別件になるかな・・・？
＞できれば、バッチ処理の最中はそれだけが動いて他の処理ができないようにしたいのですが、どんな方法で

行なうのが
＞よいのでしょうか？　あわせて教えて下さい。

むしろこちらが本題ですね。
データストアでは、一番単純な方法では、更新特性のWhere句を
「キーカラムと更新可能なカラム」で作成することができます。
埋め込みSQLでは、Oracleだと行ロックを使います。

このあたりのことは何度か議論されてますので、
「ロック」「FOR WAIT」などのキーワードで過去ログを検索したり、
【Oracle の SQL言語リファレンス】ブックを読むなりしてみてはいかがでしょう。
バッチ処理中のレコードと重なる場合、更新しない（読み出しは出来る）ような
方法がとれます。

P.S.
バッチ処理中は他の一切の処理を許さない、という方法というのも
面白い議題になりそうですが…。