みなさん、こんにちわ　　PikaPikaChuです。

今、複数人で一つのシステムを作っている最中なのですが、私は埋め込みＳＱＬでバッチ系のＰＧを作成中、
もう一人は、データストアを使用してエントリー系のＰＧを作成しています。
（アプリケーションは別のものを使用していますが、見に行くＤＢは同じです）
それで、両者がいっしょに実行すると、バッチのＰＧがなにも実行されずに終了してしまいます。
（デバッガでみて、確認しました。）
そこで質問なのですが、同じＤＢにアクセスする場合、データストアの方が力が強いというか、
優先権（？）があるのでしょうか？

埋め込みＳＱＬ・データストア各々のメリット/デメリットなど教えていただけないでしょうか。

これは別件になるかな・・・？
できれば、バッチ処理の最中はそれだけが動いて他の処理ができないようにしたいのですが、どんな方法で行なうのが
よいのでしょうか？　あわせて教えて下さい。