yoさん、こんにちは。

＞ウィンドウ単位でこれら２つのメニューを使い分けており、
＞大元のフレームは継承元のボタンのないメニューを使用し、それ以外は
＞それぞれのウィンドウのプロパティで、印刷用か入力用のメニューの指定を
＞かけています。ここまでは動的に変更させるようなことはしていません。

完全にはずしていました。(^^;
私もMDIの場合は、そのように作成しています。

＞その環境にて実行時、既に１つ以上のウィンドウ（シート）が開いた状態で
＞新規にもう一つウィンドウ開き、そのopenイベントの中で、close(this)
＞を使用すると最初に開いていたウィンドウのツールバーが消えてしまって
＞いるのです。例外として大元のフレーム自体がボタンのない継承元のメニュー
＞で作成されているからなのでしょうか？

うーん、確かに分からないですね。
怪しいところは、openイベントでclose(this)をしているところですかね。
openイベントからposteventでユーザイベントを起動し、そこでclose(this)
しています？
あと、試しに継承元にツールバーを出すようにすると、回避されますか？