araiさん、こんばんは。

＞従って、今、サーバ側にストアドプロシージャを作成し、複数のCSVファイルを結合した後FTPでサーバに転送
＞、プロシージャ内でCSVファイルリードして、テーブルにインサートする方法を考えています。
＞
＞この方法を採用した方はいらっしゃいますでしょうか？特殊なやり方かなー。
＞

特殊なやり方ではないと思います。ただ、ネットワークトラヒックが気になるとのことですので
FTPでサーバに送ること自体がネットワーク負荷がかかる要因になると思います。さらに、プロシージャ
を使うとサーバ自体の負荷もかかるため、トータルのスループットが下がってしまうと思います。

例えば、クライアントでDWにCSVを読み込みDBを更新してしまうというのはどうでしょう。
DWにCSVファイルを読み込ますのは、PBDSにあったと思います。