MiYaさん、こんにちは。

＞みなさん、こん＊＊は。只今、InstallBuilderと格闘中のMiYaと申します。
＞
＞ＰＢ5.0.04とSQLAnywhere5.0で開発したアプリを、NT4.0サーバーのインストールするための
＞インストーラーを生成したいのですが、Runtimeやドライバーなんかは転送できているのに、
＞ODBCデータソースの設定がうまく転送できません。
＞（コントールパネルのODBCを空けてみると空っぽの状態）

これはインストールドライバのレジストリが設定され
ていないためです。
HKEY_LOCAL_MACHINE\\SOFTWARE\\ODBC\\ODBCINST.INI
に、Anywhereのドライバの登録をするようにしてみ
てください。
値は、開発マシンの設定そのままでOKです。