＞まずは...　単純に、DWで扱えないデータ型ではないかと疑えます。
＞Oracleでしたら　RAW, LONG RAW などがこれにあたりますが、いかがでしょう？
＞
・String型でさえ、見えるカラムと見えないカラムがあります。

原因が判明しました。
原因は、システムテーブル\"system.PBCATCOL\"にカラム名が記述されていなかった
為でした。
対処としては、ＤＢに存在する全Tableの全カラムを登録する事になると思います。

しかし、何故そんな事をしなければならないのかは見当もつきません。

それにこれでは、どんなtableが入っているかわからないＤＢに接続して、ＤＷを
作成する事はできなくなりそうです。
（動作条件の設定作業を、Table毎にユーザが登録しないといけない仕様になり
　そうです。　＜記述ミスで動作しなくなる。＞　）

PB?という事は、PowerBuilderで作成したTableでないと対応できないという事
でしょうか？
また、今回見えなくなっていたTableは、パイプラインを使って作り直したという
経緯もあります。

もしかすると、ＤＢペインタで直接作成したカラムだけが登録され、いったんTable
を消すと、PBCATCOLからも消えるという仕様なのでしょうか？