t-furuyaさん、こんにちは。

＞＞？？？ジョブ１とジョブ２が並行で動作しているのでしょうか。
＞
＞並列に動作するということです。
＞説明を補足しますと、印刷ジョブはサーバで動作し、起動のアクションは
＞クライアントで行っています。
＞（中略）
＞こういう環境なので、exe1,exe2の起動がほぼ同時の場合があるんですよ。
＞で、それぞれでWin.iniを書き換えてプリンタを切り替えているので、
＞タイミングによって先に切り替えたプリンタが無効になってしまう場合が発生して
＞しまって困っています。

印刷をするEXEが複数あって、それらが並行で動作しているということですね。
これは困った。win.iniはマシンに一つしかないですし。

消極的な対策ですが、dw.Print関数で印刷をする直前にwin.iniの書き換えを
行う方法があるかと思います。過去ログでNo.005508のコメントを参照して下さい。