FJKさん、こんにちは。

＞私もTakaさん同様Sybaseはあまり知らないので何ともいえませんが
＞OracleでやるならSYS.USER_OBJECTSのLAST_DDL_TIMEなどで比較することも可能で、
＞実際そういうツールも遊びがてら作ってみましたが、やっぱりテーブルなどを変更したり作成した
＞Sql文を管理するのが一番の方法ではないかと？

Anywhereの場合、トランザクション・ログをテキストに落とせば、
スキマー定義を変更したSQL文の記録が取れます。データベースを
クリエイトした時からのログがあれば、テーブルやカラムの変更履
歴は簡単に分かると思います。
現状のテーブル構造がどうなっているかは、SYS.SYSTABLEと
SYS.SYSCOLUMNのシステムテーブルで定義されているので、SELECT
文一発で分かります。

データの差分については、(テーブル構造が一致しているという前
提で)2つのデータベースのテーブルを1つのDBにインポートして、
データの差分を取るSQLを実行して調べるのが手っ取り早いのでは
ないでしょうか。