luftpostさん、こんばんは。

＞はじめまして。Luftpost（\"ルフトポスト\"）と申します。
＞
＞ProfileString関数で取得した情報（ファイルの書き込み先）を元に
＞FileWrite関数でファイルの書き込みをする際、その情報が反映されない
＞という現象で困っています。ただしEXE実行時のみです。
＞デバッグモードやソースからの実行だとうまくいくので確かめようが
＞ない状態です。また、OSのインストール先がDドライブのマシンだと
＞うまく行きます。

とりあえず問題の切りわけとして、ProfileString関数の
戻りを調べるのが先決ではないでしょうか？
簡単なテスト用のアプリ作成等をして、ProfileString関
数が返してくる文字列をメッセージボックスや、マイクロ
ヘルプで表示してみればよろしいかと思います。