ぽーさん、こんにちは。

わたしは、やっぱり、V6.5のヘルプの

＞SetLibraryList 関数は、アプリケーションの Open イベントスクリプトでだけ呼び出す必要があります。
＞それ以外で呼び出すと、アプリケーションがクラッシュする可能性があります。

この記述が、バージョンが違うとはいえ、ものすごくひっかかるんですよねぇ・・・。

＞(2)処理途中にメニューのClickにより、別メニューが起動する。
（丸囲み数字は、見えない方がおられるかもしれないので、変更させていただきました。）

「別メニュー」とは「別EXE」ではないのですよね？
たぶん、２つの c.pbd に入っているオブジェクトは
同名だけど微妙に内容が違うものがある、と推測していますが
なんとか別の名前をつけて、ファイル名も d.pbd とかにして
４つのファイルをライブラリ探索パスに設定する、ということはできないでしょうか？
消極的な方法ですが、わたしには、ちょっとそれ以外に考えつきません。ごめんなさい。m(_ _)m