Mika★さん、こんにちは。回答ありがとうございました。

＞そのClickイベントが発生するより前には
＞c:\\mod\\c.pbd 内のオブジェクトは、一切使用されていないでしょうか？
＞（実際に使用したオブジェクトの先祖も含めて、です。）
＞
＞また、V5.0.02 ということなので、関係ないかもしれませんが
＞V6.5 のヘルプには
＞
＞SetLibraryList 関数は、アプリケーションの Open イベントスクリプトでだけ呼び出す必要があります。
＞それ以外で呼び出すと、アプリケーションがクラッシュする可能性があります。
＞
＞と書いてあります。
＞（5.0 のマニュアルには、書いてありませんでした。）

c:\\mod\\c.pbd内のオブジェクトは一切使用していませんが、使用中のライブラリが置き換えられないのならa.pbdと
b.pbd内のオブジェクトは使用されているので動的には変更できないということですね。(現行のライブラリリストには
必ずアプリケーションが格納されているライブラリが含まれているので・・・)
また、アプリケーションのOPENイベントのみしか使用できないのなら非常に用途が狭い関数ですね。

アプリケーションのクラッシュの話しは確かにV5.0のマニュルには記述されていませんでした。
V6.5には記述されているということは、恐らくクラッシュした事例があるということですね。(恐?)

余談ですが、私がやろうとしている処理は
?起動されるアプリケーションは常に１個とする。
?処理途中にメニューのClickにより、別メニューが起動する。
  →このときに、ライブラリ探索パスを切り換える。※メニューは共用し、表示画面のみを変更したいため。

?で起動されるシステムはすでに作成済で、配布済です。
?で起動するシステムをこれから開発しようとしているのですが、?で使用しているグローバル関数を共用したいこと
と、すでに完成している?への影響はなるべく少なくしたいという希望があります。
また、?のシステムは完全に別システムという風にも見せたくないのでどうしようか苦慮しております。

何か良い方法がありましたらお教えください。