Takaさん、こんにちは。

＞Shell_NotifyIcon APIに NOTIFYICONDATA構造体を渡していると思いますが、
＞この構造体の uCallbackMessage に指定したメッセージ番号が、hWnd に設定したウィンドウに返ってきます。
＞uCallbackMessageに1024を代入してやると、ウィンドウの pbm_custom01 に割り当てたユーザイベントが
＞起動されます。
＞あとは、このユーザイベントの中でlParamの値を判断します。
＞ここにはマウス・クリック関連のメッセージが入ってきますので、それなりに振り分け処理を行なえばOKです。
＞

蛇足です

タスクトレイにアイコンを表示するアプリを作成した場合、
大抵、ポップアップメニューを表示すると思います。
その際、単にPBのPopMenu関数を呼んでも上手く行かないのでご注意ください。
先にSetForegroundWindowというAPIを呼んでから、PopMenu関数を呼ぶ必要があります。

ほんと、蛇足っすね......