saiさん、こんにちは。

＞確認です。
＞私もよくやるんですが、もしかして、ちがうＤＢのテーブルを見ていませんか？

確認してみましたが、やはり正しいDBを見ています。以下のSQLをそれぞれの dept_no ごとに
発行すると正しくカウントされるので、まちがいないと思います。

  SELECT COUNT(*) FROM emp WHERE dept_no = \'100\'

とりあえずは、SQLを何回か発行して処理するようにしましたが、いまだに原因が分からない状
態です。
Kasiさんがテストしてくださったようなので、PB6.5の問題ではないようですね。もしかしたらODBCのドライバ(Ver2.05.0302)とPB6.5の相性が悪いのかもしれません。