TOHAさん、こんばんは。

＞早速質問なのですが、
＞PB6(or PB6.5)を使って、Webアプリケーションを作った場合、
＞MacやUnixでも問題なく動くのでしょうか？
＞またIEやNetscapeといったブラウザによる問題はあるのでしょうか？

やろうとしていることがイマイチ分かりませんが・・・・
まず「MacやUnixでも問題なく動くか」とういのは、クライア
ントとしてでしょうか？

サーバはNTとする必要があるでしょう。クライアントでしたら
問題が2つのケースに分かれます。
1つはウィンドウ・プラグインを使うケースで、これは不可です。
ブラウザをGUIにしていますが、実体はPBのアプリケーションが
クライアントで動きます。
もう1つのWebPBを使うケースは、基本的には問題ないと思います。
ただ、WebPBはサーバアプリケーションでHTMLを動的に生成して
クライアントに返しますので、使用するブラウザが解釈できるタグ
しか使用しないようにしたり、JavaScript等の使用も制限されると
思います。

「IEやNetscapeといったブラウザによる問題」は、上記2つ目の
問題と同じことが言えます。
あとウィンドウ・プラグインとの相性もバージョンによりあるよう
です。ウィンドウ・プラグインは使っていないので詳細不明ですが。