ichiさん、まことさん、おはようございます。

＞＞Ｂのアプリケーションでは2?5のPBLにもパスをはらないとコンパイルが通りません。
＞＞（1.pblのなかで、ときおり、2?5のPBLのオブジェクトを見に行っているため
＞＞　ただしＢアプリの実行時にはそれらのオブジェクトは絶対参照していません）

ライブラリの考え方ですが、ichiさんのおっしゃる構成の場合
2?5.PBLは 1.PBLの下位ライブラリなので、B.PBLから下位ライブラリを
使う使わないに関わらず、常に1.PBLと合わせてリンクするものです。

すなわち、PBDファイルの配布も当然のことです。

＞もしくは・・・　1.PBLを２つ（他を参照するものと、しないもの）に分割してみては
＞いかがでしょうか？
＞（Ａの方で参照するpbdが増える為、実行ファイルの作り直しが必要になります。）

ライブラリを再設計する方針をとれば、
1.PBLにはAというアプリケーションに特化したオブジェクトが含まれているよう
ですので、これをA1.PBLなどに切り出し、純粋な共通ライブラリ1.PBLを残すのが
妥当でしょう（特化しているかどうかの見極めも難しいですが…）。
その結果の1.PBLが下位ライブラリを必要とするのでしたら無理に分割しなくても
そのPBLもリンク（＆実行環境にPBDを配布）します。