おはようございます。　まこと　といいます。
助言になりうるかどうかわかりませんが、最近　クラスライブラリ　というものを
考えるようになったので、一応　発言します。（既存のものから作成中！^^; )

＞ＡのアプリケーションにはB_apl.pblを除くすべてのpblにパスをはります。
＞ＢのアプリケーションにはB_apl.pblと1.pblにのみパスをはります。
＞この環境からＥＸＥを作成するとき、Ａのアプリケーションは問題ないのですが、
＞Ｂのアプリケーションでは2?5のPBLにもパスをはらないとコンパイルが通りません。
＞（1.pblのなかで、ときおり、2?5のPBLのオブジェクトを見に行っているため
＞　ただしＢアプリの実行時にはそれらのオブジェクトは絶対参照していません）

ここで問題なのは、1.pblが2?5のPBLを見にいっているという事実です。
2?5のPBLが1.pblをみにいっているなら問題ないと思います。

要は共通で利用するPBLの上下関係が逆、もしくは混在しているのが原因だと思います。
1.PBLを最上位、5.PBLを最下位というようにオブジェクトを移動させ、pbdを作り直し
てみてはいかがでしょうか？
（Ａの方では従来のpbdをそのまま使えるし、改版時に差し替えればいい。）

その結果、Ｂのアプリケーションで複数のPBLを参照する事になるかと思いますが、
今後の再利用や、配布時にファイル数を減らす為にも　良いと思います。

もしくは・・・　1.PBLを２つ（他を参照するものと、しないもの）に分割してみては
いかがでしょうか？
（Ａの方で参照するpbdが増える為、実行ファイルの作り直しが必要になります。）