こんにちは。

DB設計に関する質問ですね。
こういった問題は、システムの仕様などが大きく絡んでくると思いますが･･･

＞質問 １
＞そんな時、テーブルの定義の時、余裕を見て桁数を大きく取っているのか、又は社員番号は
＞４桁、組織コードは７桁にして、定義し、変更する必要がある時、変更するようにするのか？
＞ただ、その場合テーブル定義の変更の時間、ミスを考えると大変なように思います。
＞

コードの桁数が変わるという事は、コードを付番する体系が変わり、
システムの仕様そのものが変わる可能性もあると思います。
その場合は、全てにおいてメンテナンスが必要になると覚悟するべきですね。
今後、必ず増えるであろう（例えば商品コード、これは自社付番からJANに変えるなど）場合は、
大きくとりますが、それ以外では現状での最大桁数で良いかと判断します。

＞質問 ２
＞データタイプはVARCHAR2にしているか、CHARにしているか。CHARにした場合は現状の桁数より
＞大きくカラムの定義をした場合、あまった桁数はスペースが入っているので検索時にスペース
＞を付加する必要があるのでデメリットのように思いますがどうでしょうか？
＞

コードが数字のみの場合は、Numberという事もできますね。
データ量が多い場合、Verchar2にしている事が多いです。平均的なデータ領域を確保すればいいのですから。
Charにするメリットは、ホストへのデータ送信で固定長にしやすいって事くらいですかね。
ただ、余計な領域はとりたくないので、ほとんどVerchar2にしていますけど。

＞質問 ３
＞VARCHAR2にしても、CHARにしても検索スピードは同じですか？

検索スピードの問題は、セグメント領域やSQL文（Where句）に問題がある事が多いので、一概にはなんとも
言えないと思います。