matsuokaさん、こんにちは。

＞はじめまして。早速ですが
＞メインアプリケーションの終了ボタンが押下されたら、メインから起動されたすべてのサブア
＞プリケーションを終了させる、という動作を行わせたいのですが、どうにもうまくいきません。
＞ためした方法としては、WinApi関数　FindWindowA()とDestroyWindow()をローカル外部関数と
＞して宣言し、終了ボタンが押下されたらFindWindowA()を使って起動チェックを行い、起動され
＞ていたらFindWindowA()の戻り値のハンドルを使用しDestroyWindow()を行ってみましたがどうも
＞DestroyWindow()がうまく動いてくれません。

思い付く一番エレガントな方法は、メイン・アプリからサブ・
アプリにメッセージを送りサブ・アプリのイベントを起動して、
サブ・アプリはそのイベントでアプリケーションを終了すると
いうものです。
こうすればサブ・アプリ側でアプリケーション終了のための処
理を確実に出来るようになります。
メッセージの送信は、PBのスクリプトで出来るかどうか分かり
ませんが、WinAPIでしたらSendMessage関数で出来ます。メッセー
ジの送り先のウィンドウ・ハンドルが取得できれば、送れると
思います。
SendMessageの引数のwMsgはイベントNo.で、例えば1024は
PBのイベントID、pbm_custom01に相当します。
ただSendMessageはイベントが処理されるまでブロッキング
されますので、PostMessageの方がいいかもしれませんね。