＃補足です。

当現象は、データストアをデータウィンドウと同期する方式で使用した場合に
のみ、発生します。
データストアを単体で使用した場合には、発生しません。

データストアをリモートオブジェクトではなく、ローカルでインスタンス生成
するケースでもGetChages/SetChages関数を使用する限り、同様の現象が発生します。

当面の回避策としては、
１．データストアでDBを更新し、更新フラグをリセットした後で、データストアを再検索
２．データストアでGetFullState関数によりBlob変数にデータを取得
３．データウィンドウでBlob変数を受け取ってSetFullState関数でデータをセット
という方式で、一応きれいに動かすことができます。