shimoさん、こんにちは。
＃ 004175 のお礼ってわけじゃないですが、ささやかなコメントを。

＞しかし、1度登録してしまうと、2度目の更新の際に５.のsetchanges関数のエラーで落ちます。
＞エラー内容はの戻り値は-1です。
＞helpをみると関数でエラーが発生しました。とありますが、なぜなのでしょうか？
＞かならず、クライアントで編集するDWはサーバがretrieveかけた最新の状態のものを
＞もってきているのに？？？
＞大変困っております。もしご存知の方がいらっしゃれば、教えてください。

こちらでも同じような処理をやっていますが、うまくいっています。
＃004104の回避のため、データストアの更新後に再検索するようにしました。

ただし、クライアントで編集するデータウィンドウに変更がないケースで、
GetChages→SetChages関数を使用すると、SetChages関数が戻り値-1で
エラーになりました。
このため、GetChages関数処理前に、変更の有無を調べ(ModifiedCount、DeletedCount)
変更なしの場合には、データストア側でSetChages関数を処理しないようにしました。

このへんはもうご確認済みでしょうか？