この件、PBのバグではないでしょうか。

環境がないので、確認できませんがAppeon Communityに関連すると思われる
QAがありました。
https://community.appeon.com/index.php/qna/q-a/workaround-bug-1732-def-printer-redirect-on-win-server-2016-doesn-t-work-for-rds-connection

Windows APIを利用することで回避する方法が書いてありますが、PB2017R3で修正された
みたいなので、12.1から2017R3にマイグレーションすると解決するかもしれませんよ。

＞クライアント端末から、WindowsのRemoteApp経由で、
＞サーバーに設置されたアプリケーションを実行しております。
＞
＞そこでそのアプリケーションから
＞　
＞　PrintSetUp()
＞
＞をもちいてプリンタ情報を表示すると、
＞プリンタが選択されていない状態になってしまいます。
＞勿論、プリンタはリダイレクトする設定になっており、
＞サーバー側のメモ帳をRemoteApp経由で起動しプリンタを確認すると、
＞そっちではちゃんと通常使うプリンタが設定されています。
＞
＞
＞★やりたいこと
＞
＞クライアント端末側で設定されている通常使うプリンタが
＞選択された状態にしたいと考えているのですが難しいでしょうか。。
＞
＞ご存知の方、教えていただけますとありがたいです。。