おそらく、どなたも実績がないのでレスがつかないと思うのですが・・・

リモート環境であってもメモ帳でプリンター設定ができており、
ＰＢ関数でできていない、ということは、ＰＢの仕様の可能性が考えられます。
プロダクトサポートに問い合わせるのがよいと思います。

＞クライアント端末から、WindowsのRemoteApp経由で、
＞サーバーに設置されたアプリケーションを実行しております。
＞
＞そこでそのアプリケーションから
＞　
＞　PrintSetUp()
＞
＞をもちいてプリンタ情報を表示すると、
＞プリンタが選択されていない状態になってしまいます。
＞勿論、プリンタはリダイレクトする設定になっており、
＞サーバー側のメモ帳をRemoteApp経由で起動しプリンタを確認すると、
＞そっちではちゃんと通常使うプリンタが設定されています。
＞
＞
＞★やりたいこと
＞
＞クライアント端末側で設定されている通常使うプリンタが
＞選択された状態にしたいと考えているのですが難しいでしょうか。。
＞
＞ご存知の方、教えていただけますとありがたいです。。