njさん、こんにちは。

この現象はPowerBuilderが落ちると良くなりますね。
これは、インストールディレクトリにあるpb.iniを一旦削除すると回復します。
但し、レイアウト系が全て初期化されるので、
ファイル名だけ変更しておいて、PowerBuilderを一度起動し、
作成されたpb.iniのフォントあたりだけ直せばいいかと思います。

ドライブなどは違うかもしれませんが、デフォルトの
インストールディレクトリは以下の通りです。
C:\\Program Files\\Sybase\\PowerBuilder 8.0

但し、これは特定のウィンドウが原因となるわけではないので、解消されないかもしれません。
解消されない場合は以下を参照。

特定のウィンドウを開こうとして強制終了される場合、ソースに問題がある時があります。
ウィンドウのソースを開き、問題がありそうな箇所をコメントアウトなどで対処して下さい。
核となる部分以外（イベントや関数）は一度全てコメント化してしまって、
少しずつコメントを外していき、問題点を見つけ出すのも手です。

特定のウィンドウ（A)が存在する状態で、他のウィンドウ（B)を開こうとしても強制終了される、
というのは全く原因が分かりません。
BがAを継承しているというのであれば上記解消方法で解消されそうですが、
文面からするとそうでもないそうですし・・・。
上記２つの対処法を行えば解消されると思いますが・・・。
再生成も行ってみてはいかがでしょうか。
稀に再生成を行う事で解消される事があります。