WATERFIELD2さん、おはようございます。

Run 関数呼び出し時に、データを引数として渡されては如何でしょうか。
渡すデータのサイズが大きければ、ファイル名やレジストリキー等を引数とされてもよろしいのでは。
詳しくは Help で CommandParm・Runを参照して見て下さい。

＞■やりたいこと
＞オリジナルのexe（以下A）を手動で実行し
＞ここにデータを入力させます。
＞AでRUNを使いオリジナルexe（以下B）を起動します。
＞Aで入力されたデータをBに引渡し
＞Bが起動時、OPENスクリプトで受け取り、その内容により
＞最初のWindowで表示するボタンやテキストを制御したい。
＞
＞■試したこと
＞既にBが７０本ほどあり、あちこちでパラメータによる
＞データの引渡しを行っています。
＞ここに付け加えることは厳しいし壊したくありません。
＞DDEを使おうとしましたが、そのWindowが開いてないとだめで
＞しかもイベント発生しないと動かない・・・。
＞（強制的にイベント発生させる？）
＞
＞他に何か良い手立ては無いものでしょうか・・・。
＞
＞■開発環境
＞WindowsXPとWindows2000のマシンが２台
＞それぞれに、PB4、PB5、PB6.5が混在しております。
＞７０本のBもそれぞれが異なるバージョンで作られました。