tomsonさん、こんにちは。

お役に立てなくて、すみません。
やはり環境の問題なのかもしれませんね。
あと思いつくのは、インストールをやり直すことくらいでしょうか。
(空き領域が足りないなんてことは、ありませんよね)

＞＞３．PBLファイルのサイズが大きすぎる。 
＞→以下の6ファイルを使用してビルドしています。大きすぎるということはないようです。
＞2,296,832 byte  1.pbl
＞  335,872 byte  2.pbl
＞2,845,184 byte  3.pbl
＞  287,232 byte  4.pbl
＞2,420,736 byte  5.pbl  
＞  218,112 byte  6.pbl

直接関係ないかもしれませんが少し気になったので…。
pbl の推奨サイズは確か 800KB だったと思います。

以下アシストさんのHPです。
http://powersoft.ashisuto.co.jp/technicalservice/techdocument/technoteonline/system/index.html#num05

ここの、【移行?6001?Powerbuilderアプリケーション開発時の注意事項】を参照してみて下さい。
今後の開発の参考にでも、なりましたら。

＞※ リンクエラーのダイアログボックスが出てくるのなら、何かメッセージを表示してくれれば、
＞多少なりとも助かるのですが、不親切な作りですね(笑)

メッセージが出てこないというのは、普通に考えるとあり得ないケースが発生した為なのではないでしょうか。
でも、それならそれで「あり得ない」とでも表示してくれると、助かるのですけれどね。(笑)