M.Mさん、こんにちは。

Tech Note Online(下記URL)のJ-TN008に、参考情報が書いてあり、
それで解決しました。
http://powersoft.ashisuto.co.jp/technicalservice/techdocument/technoteonline/system/index.html

別に手順の問題じゃなかったらしいです。

＞こ、怖いことしてますねー。
＞こういうやり方って、PowerBuilderは保証していたのでしょうか。
＞(私が知らないだけで、保証しているかもしれませんが)

あ、危険ですか（＾＾；
当然のようにやってしまっていました。

＞私の個人的ノウハウでは、PBD/DLLは複数のexe間では共有できなかった
＞と思います。
＞ですので、別ディレクトリにA.exeと必要なDLL、B.exeと必要なDLLを
＞分けて保存するのが、確実な解決策ではないかと。

確かにそうですね、
最終的には管理方法は変えるつもりで行きます。
ひとまず、問題は解決です。
ありがとうございました。