qooさん、こんばんは。

＞やっぱり、建前上はEXEもPBDも全てセットすべきなのでしょうか？
＞PBDは各オブジェクトの実行版だってのは分かりますが、
＞EXEっていったい何なのでしょうか？ただ実行するためのものなら、
＞初めに生成したEXEでずっと問題ないということはないのでしょうか？

Takaさんのコメントが詳しいですが、なにせ開発元で保証していない(PBDだけの入れ替えは)
のですから、自ずと手探りにならざるを得ないですね。

既存イベント・関数の書き換えくらいは大丈夫みたいですが、あまりいろいろ変更すると
恐いですね。とくに先祖ウィンドウ・先祖ユーザオブジェクトに手を入れたら、EXEとすべての
PBDを再生成した方がよいでしょう。

いろいろ試してみて「ここまでOK」というのがわかったら、情報提供をお願いします。