こんにちは。

＞ユーザ資産の関係でPB5,PB6を共存する環境を作ろうとしましたが、
＞PB6の資産で実行(RUN)したところPB60Jのページ違反で異常終了しました。
＞詳細をみるとPRRTE050.DLLとでておりPB5のDLLを参照しているみたいです。

もしかして、外部関数宣言でPB5のときの日本語関数をインクルードしていませんか？
外部関数宣言の部分はマイグレーションではチェックされないようで、実行したときに
初めてエラーになるんですよね。初めはちょっと気づきにくいかも...

PB6の「アプリケーション移行時の注意」というドキュメント(pb6techm.htm)にいろ
いろ書いてあるようです。